明治4年7月14日（1871年8月29日）14時、明治政府は在東京の知藩事を皇居に集めて廃藩置県を命じた。王政復古に次ぐ第2のクーデターであった。
10時に鹿児島藩知事・島津忠義、山口藩知事・毛利元徳、佐賀藩知事・鍋島直大及び高知藩知事・山内豊範の代理の板垣を召し出し、廃藩の詔勅を読み上げた。ついで名古屋藩知事・徳川慶勝、熊本藩知事・細川護久、鳥取藩知事・池田慶徳、徳島藩知事・蜂須賀茂韶に詔勅が宣せられた。午後にはこれら知藩事に加え在京中である56藩の知藩事が召集され、詔書が下された。
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藩は県となって知藩事（旧藩主）は失職し、東京への移住が命じられた。各県には知藩事に代わって新たに中央政府から県令が派遣された。なお同日、各藩の藩札は当日の相場で政府発行の紙幣と交換されることが宣された。
当初は藩をそのまま県に置き換えたため現在の都道府県よりも細かく分かれており、3府302県あった。また飛地が多く、地域としてのまとまりも後の県と比べると弱かった。そこで明治4年（1871年）10?11月には3府72県に統合された。
その後、県の数は69県（明治5年（1872年））、60県（明治6年（1873年））、59県（明治8年（1875年））、35県（明治9年（1876年））と合併が進み（府の数は3のままである）、明治14年（1881年）の堺県の大阪府への合併をもって完了した。だが、今度は逆に面積が大き過ぎるために地域間対立が噴出したり事務量が増加するなどの問題点が出て来た。そのため次は分割が進められて、明治22年（1889年）には3府43県（北海道を除く）となって最終的に落ち着いた。
統合によってできた府県境は、令制国のものと重なる部分も多い。また、石高で30?60万石程度（後には90万石まで引き上げられた）にして行財政の負担に耐えうる規模とすることを心がけたと言う。
また、新しい県令などの上層部には旧藩とは縁のない人物を任命するためにその県の出身者を起用しない方針を採った。しかし、幾つかの有力諸藩ではこの方針を貫徹できず（とはいえ、明治6年（1873年）までには大半の同県人県令は廃止されている）、鹿児島県令の大山綱良のように数年に渡って県令を務めて一種の治外法権的な行動をする者もいた。
一方、その中で山口県（旧長州藩）だけは逆にかつての「宿敵」である旧幕臣出身の県令を派遣して成功を収め、その後の地方行政における長州閥の発言力を確固たるものとした。尚、この制限は文官任用制度が確立した明治18年（1885年）頃まで続いた。
同県人の知事起用
明治5年（1872年）まで：静岡県、鳥取県、岡山県、徳島県、佐賀県
明治6年（1873年）まで：熊本県
明治8年（1875年）まで：京都府
明治9年（1876年）まで：高知県
明治10年（1877年）まで：鹿児島県